讲述作为主人公的小智在阿罗拉地区的诸岛巡礼挑战的最终阶段（时间线是目前TV同步，但是剧情并不同步，与日月游戏一致，并且脱离动画），为了唤醒陷入沉睡的“小星云”并借助其力量打开究极之洞，进入“那个地方”展开一系列的探索，在之后正式结束整条诸岛..
