基因（三）

若干作者认为，原则上的辩论远远消除了分子遗传学的解释性实践。 WiMSATT（1974）突出了层间关系的理论以及他们如何促进机械解释（参见科学机制的进入）。 指向理论的神话观点，这拥有理论是相关模型的家庭，水域（1990,1994）认为分子遗传学提供了孟德尔理论描述的现象的解释。 这是基础上，这两个领域依赖于只有群体的表型差异的原则，而不是特征的存在是由基因（或者遗传差异）解释的。 虽然这些作者仍然谈论理论减少，但理论改变了其地位。 通过逻辑扣除，理论在解释模型中构思了理论，而不是通过逻辑扣除的含有另一种理论的法律的理论，而不是一个理论。

随后，强调哲学辩论更加转变为解释性减少（Hüttemann＆2011; Kaiser 2015;罗森伯格2006; Sarkar 1998）。 问题变得越来越少于孟德尔遗传学和分子遗传学之间的关系之一，而是从遗传发展到演化的生物现象是否可以或应以分子术语解释（见§1.4）。

本节涉及基因概念从科学变革的角度嵌入了基因概念的关系。 下一节将解决基因概念本身水平的科学变革，在那里重点是问题在于，当理论和实践发生变化时，此类概念仍然是恒定的。

2.2概念变化和基因概念

关于科学哲学家转向生物学的时间，广泛讨论了新的意义理论 - 参考的因果理论（Kripke 1972; Putnam 1975;见参考和自然类型的条目）。 这种观点的支持者转向了早期的参考理论，他们认为令牌的参考（一个术语使用的实例）是通过对扬声器的指出的说明来解决的，这代表了术语的含义。 相反，根据新的理论，自然术语，特别是一种科学期限，当它第一次使用时，它连接到一种实体，以将实例称为属于某种自然的姿势或等同物。 然后，发言者可能会使用科学术语来提及一种自然的类型，即使他们无法识别有问题的成员或对这种实体有虚假的信念。 他们依赖于他们更广泛的语言社区的专家，他们可以在最初介绍的方式中识别诸如介绍的善意的成员，并且通过一系列交流链接，与原始命名的事件相比，谁在一个合适的因果关系中。 初步识别某种可能是基于识别洛克条款中的一些突出的共享属性（“名义上的精华”;洛克在真实的本质上）。 然而，如果该术语的引入确实成功地识别出自然类型，那么，最终将识别出种类的“真实本质”，可能是以物理微观结构的形式识别，这解释了初始识别的性质。 后者仍然在表征非专家演讲者的刻板印象时发挥作用，但基于潜在的因果关系，专家可以在每种情况下明确地确定善意的成员资格（Putnam 1975）。

基于这样的观点，可以避免在描述或与当前接受的理论上的科学中理论术语的参考的依赖性。 这是对生物学哲学家的参考哲学家的因果理论，尽管在二十世纪在遗传学中的显着理论变化，但在使用术语“基因”中看到连续性。 此观点介绍了关于第1部分提出的事件的以下叙述：孟德尔确定了他确定涉及人物遗产的赌博元素的自然类型。 早期的孟德莱人使用各种术语，但在进行杂交实验时提到了同一实体。 后来单位被命名为“基因”，但是较早地连接的交际链和后面的术语使用属于自然类型的实体仍然完好无损。 即使概念的含义改变了，即，从必要和充分标准的列表中建议或删除了这些概念的各种属性，最终，实现了基因的分子表征，这解释了最稳定的观察性（或它们的变化在不同的条件下），因为专业遗传学家可用于确定某些东西是否是基因。 在以下草图中绘制的大部分争论可以被描述为讨论这种叙述是足够的。

Kitcher采取因果关系作为他的起点，以讨论基因概念（1982）的概念变革。 他介绍了一个术语类型的参考潜力的概念，其在他的账户上包括几种方法，其中令牌的参考是固定的。 一方面，有几种参考模式，它们与扬声器的意图相关联。 有时扬声器可能会使清楚起见，因此提供了一个描述，该描述在参考的描述学家理论中修复了一个术语的引用。 实际上，研究人员或教师通常提供术语“基因”的定义。 然而，描述可能会出现错误，因此该术语可能无法引用，但至少扬声器使得透明在其中使用该术语。 在其他情况下，发言人可能希望符合社区中的既定使用术语。 在这种情况下，参考通过参考的因果理论建议的方式修复; 在使用术语时，发言者依赖于更广泛的语言社区中的专家存在，他们知道如何正确应用该术语（即，如何确定自然类型的成员）。 这些专家因术语介绍的初始事件而有因果关系。 这是大多数人使用术语“基因”的方式。 最后，发言者可能会在与其直接发生因果关系的情况下指的是一个实体。 当研究人员指的研究文章中的基因报告涉及基因的实验时，这可能是这种情况。

另一方面，这是扩大概念的参考潜力的原因，有各种可用的描述，哪些扬声器可能用于解决术语“基因”的参考。 此外，有几种因果轨迹，通过该轨迹，各种专家组连接到术语被类似于夸张的东西引入的情况。 最后，总是有新的情况，研究人员在与基因的直接相互作用中引用的夸张，可能是基于新的实验。 因此，Kitcher的概念变化由概念的参考电位的变化构成，在这种情况下，在这种情况下，术语“基因”的令牌是指基因（如果他们根本介绍）。

当申请参考理论时，哲学家通常致力于某种形式的现实主义。 这意味着他们假设有自然的种类并且是一个概念，当它成功引用时，挑选出一些自然的。 在处理复杂的事项，如遗传现象，肯定会发现几种自然类型。 因此，根据Kitcher的说法，不仅是概念的参考潜力，而且还有概念本身的参考。 早些时候和后期使用术语“基因”可能已经成功提到，但前面的术语和后来的实例的扩展可能仍然不同。 孟德尔人可能已经挑选出自然的种类，例如，在使用该术语时是潜在的差异制造商是潜在的差异制造商。 这种包括蛋白质编码DNA序列和一些非编码区。 分子遗传学家可能已经挑选出另一种自然类型，例如功能分子的模板，其不包括孟德尔称为作为基因的一些元素，但蛋白质编码DNA序列以及编码功能性RNA的序列。 虽然这将成为一种关于基因作为自然种类的多元化形式的大门，Kitcher将他的账户与进步的概念联系起来。 他坚持认为基因概念的参考潜力得到改善。 拒绝了未能解决参考的描述，并返回转向术语的因果轨迹未能挑选出自然或挑选自然类型的术语，不再被视为重要。 在Kitcher的看法中，分子遗传学精制基因的概念。 参考失败和参考潜力的改善的概念当然依赖于给定时间的分子生物学知识的状态，这为概念评估提供了基线（Weber 2005：Ch。7;对于Kitcher写作以来的发展，见§1.5）。

理查德布里安（1985）就像Kitcher一样，即使在理论方面弄错的理论术语也可以挑选自然的事实，并且在理论中不同意的研究人员可以使用指的是相同的自然类型的概念。 Burian用Bateson的情况说明了这些点，他认为现在被视为假的理论观点（例如，关于存在/缺席假设，参见§1.1），但仍然采取谁在他使用的大多数情况下成功转到基因术语或同义词。 此外，Bateson能够讨论摩根组持有的染色体理论（见§1.2），尽管拒绝它。 如果假设尽管有分歧，这只能有意义，双方使用术语“基因”来指代相同的自然类型。 Burian旨在基于依赖理论描述概念的参考和海拔主义观点的因果理论结合延期主义观点的混合账户。 因此，同时或跨越时间所提出的账户之间的理论差异可以通过无限期，相当致力于基因的材料性质，但仍然使它们表现为所展示的“参考开放性”的基因概念来弥合。他们的因果效应和在这种感觉中运作了这个概念。 虽然这些概念有助于科学变革的连续性，但任何给定的研究项目都将以说明书的说明操作，该说明书为分类基因提供标准，并且依赖于功能性和结构特征的混合。 如何鉴定基因依赖于其他内容以及在确定表型的级别如何以及在定性或定量，分子或形态学）上的其他内容。 这种特定的基因概念，然后占遗传史上观察到的不连续性（Burian 1985; [1995] 2005）。 鉴于涉及DNA的复杂细胞过程，Kitcher和Burian都表明分子生物学家最终研究了遗传物质而不是基因，但重要的是，它们仍然对功能单位感兴趣; 然后基因成为“任何主管的生物学家选择称为基因”（Kitcher 1992：131）。 基因组织或后基因组学可理解为增强这种转变（参见§1.5;杜普拉斯2004; Stotz等，2006;进入基因组学和后一组）。

Marcel Weber（2005：Ch.7）开始讨论遗传学的参考和概念变化，通过绘制凯特改变参考和参考潜力的方式，在伯利安在说明或理论信仰方面强调意义的重要作用。 韦伯然后提出了一种更精细的概念变化，由引入新的调查技术或新的实验生物（特别是细菌和噬菌体），并观察到参考潜力（包括理论信仰）以及延伸术语“基因”连续变化。 Weber描述了一种情况，即在孟德利亚交叉实验中观察到的基于因果效应的广泛延伸，当在经典的染色体的遗传学中引入另外的标准时，再次缩小，再次扩大到包括细菌和病毒，并再次缩小到确定蛋白质序列的DNA序列（参见§§1.1-1.3）。 此外，在不同的背景下，研究人员可以以不同方式解释分子表征，例如，包括或排除调节序列。

由于这种基因概念的这种探讨和同步变化，韦伯谈到了“浮选参考”，突出了参考电位的永久性变化并参考转变。 根据韦伯的说法，这一事实得到了关于生物对象性质的形而上学考虑。 进化产生变化; 对于遗传物质而言，这也是如此。 结果，遗传物质在分享了一些因果性处置的物体的类别意义上表现出种类，但尽管如此，它可以以各种方式划分。 因此，不同的历史和当代基因概念根据研究人员的方法和利益来确定不同的种类。 除了识别因果关系类别的不同方式之外，任何此类类都包含哪个对象，其中一般都像另一个。 因此，基因概念与物种概念相当（韦伯2014;见物种进入）。

此外，Weber从概念的一般特征转移到遗传学中的调查实践中对果蝇的特定基因的实证研究，例如在发育生物学背景下的基因的分子克隆（见§1.4）。 尽管古典和各种版本的分子基因概念的参考和描述不同，但是，典型概念用于鉴定基因（例如，参与捕获胚胎组织的那些），然后进行分子表征（Weber 2005年：第7章;另见水域1994）。 因此，尽管缺乏古典和分子基因概念的完全共同延伸，但部分参照连续性在调解调查实践中起着重要作用。

Ingo Brigandt（2010年）也强调了韦伯突出的调查实践的重要性。 他建议理论概念的内容由三个要素组成：概念的参考; 它的推理作用，他与kitcher的参考潜力类似地解释; 及其认识目标，他指定了使用给定概念促进的理论，解释性和调查目标。 Brigandt认为，当经修订的概念支持的推断或解释支持给定的认识目标时，概念的推论或解释的更合理的变化是合理的，而不是早期或另一种版本。 与概念相关的认知目标也可以改变，通常，根据Brigandt，逐渐改变。 从这个角度来看，Brigandt从研究人员使用基因概念从古典遗传学中追求的目标进行了连续转变，这追求了预测分子遗传学模式的认可模式的认识目标，重点解释如何解释基因通过各种中间目标带来它们的分子产品，例如了解基因对细胞代谢的影响（见§§1.2-1.3）。 此外，该账户在过去30年中讨论了新兴的各种基因概念（见§1.5）。 虽然与当代分子遗传学中的基因概念相关的认知目标仍然与与经典分子基因相关的相似，但是，为了阐明DNA如何促进功能性RNA和蛋白质，参考和稳态作用是针对各种研究的特异性。 最近对生物学概念变革的讨论没有专注于基因，而是对诸如统治者（山2020）或血统（Neto 2020）等相关概念。

下一节侧重于同时使用当代生物学中的各种基因概念而不是基因概念的继承。

2.3当代生物学中的多种基因概念

2.3.1仪器和分子基因

构成早期孟德尔和染色体遗传学作业的基因概念被称为“仪器基因”（Falk 1986; Griffiths＆Stotz 2006）。 基于杂交实验的表型差异或分析谱系（见§1.2），遗传学家常规鉴定基因。 必须假设第一次生殖细胞和后面更具体地，更具体地，更具体地，染色体之间的差异是为了解释性再生生物与其后代之间表型相关性的模式。 这些遗传物质的差异单位也可以和更重要的是，用于预测表型。 出于这些目的，没有必要知道他们的物理位置或材料组成是什么。 从这个意义上讲，这个概念是有用的。 以一种类似的方式，Lenny Moss（2003：Ch。与乐器占地主义有关）。

一旦分子遗传学的工具就位，对于每种情况，对于每种情况，与表型差异相关的遗传差异可以位于DNA中，因此古典遗传学的基因可以是分子的（Waters 1994）。 仪器基因（作为与表型差异相关的单位，以孟塞式方式分离，并且受重组事件的偏析）可以保持关于DNA序列的不确定，并且不需要对应于具有可识别产品的基因。 在许多情况下，其中一种遗传变异包括基因产物的缺失或缺乏功能，并且存在多种方式，其中DNA的变化可能导致缺乏资源（MOSS 2003：CH.1）。 仪器基因可以对应于各种尺寸的元素，包括整个染色体畸变，并且它们可以位于编码区中，如同用于分离其他功能元素的调节元件甚至绝缘区域，只要序列的差异与a相关表型效果（Griffiths＆Stotz 2006）。

在仪器基因或基因-P中分析的基因的概念仍然广泛应用于诸如进化生物学，农业育种或医学的许多背景下（尽管它可能在识别遗传性状和进化理论中不同地发挥不同分别看;见Gifford 2000; S. Gilbert 2000）。 因此，仪器基因沿着侧面存在于其他基因概念，该概念强调基因的物质基础和立即生化的生物化学作用。

分子遗传学产生称为“古典分子基因”概念（1999年Neumann-in举行的东西，参见§§1.3-1.4）。 经典分子基因以下列方式在结构上和功能上表征：基因表现出某种称为“开放阅读框架”（ORF）的结构，即，分别启动和终止平移和终止密码子之间的一系列密码子（即，它们在转录的RNA中表现出它们的功能，但可以在相应的DNA中鉴定出来）。 此外，转录和翻译起始和测定信号，例如转录因子结合位点和通常与蛋白质编码基因相关的调节元件通常被视为分子基因的一部分（形成“转录单元”）。 这种分子描述的基因的功能是通过转录和翻译过程作为官能蛋白的基础，将（通过mRNA）产生给多肽链。 该基因通过作为模板而满足了这种功能。 最初没有被视为折衷诸如剪接或重叠基因的并发症，这损害了材料基因的结构官能团。 如果可以基于产品及其基因之间的线性对应（Griffiths＆Stotz 2006）之间可以鉴定一种DNA，也可以将非编码函数的功能性RNA同化为概念。

在分子领域，可以鉴定另一个基因概念，基因-D，其特征在于与基因-P相比，并捕获研究人员将基因识别为发育资源（MOSS 2003：CH.1）。 基因-D通常是经典的分子基因，但这里强调是功能而不是结构，特别是在超出初始角色作为模板的功能。 正如Weber（2005：Ch.7）所指出的那样，研究人员的注意力通常最初朝向概念化为基因-P的DNA序列的一部分，即与表型变异相关。 一旦克隆相关基因并研究了所涉及的调节网络以及其产品的活动，它经常明确表示它在许多组织中表达，在不同的背景下和不同时间（见§1.4）。 此外，所讨论的基因座通常用作大量产品的模板。 因此，虽然基因-P相对于序列不确定，但是基因-D相对于表型不确定。 作为基因-D解决基因的方法，以研究其在表观创造过程中的各种作用。 没有一种或几种产品中的缺失导致表型变化的事实并不意味着资源在展现表型的结构方面比涉及的大量其他基因及其各自产品的发展更重要。 相反，表型显示了发展过程如何响应不存在资源。 当生物学家（或评论员）混淆基因-D含有模板信息的单独观察时，含有发育信息（例如，用于制作蓝眼）的某种特征（例如，蓝眼睛）的基因的谬误概念信息（MOSS 2003：CH.1和2）。 虽然“基因为”谈判在发展的背景下误导（Kampourakis 2017），但概念在进化的背景下被捍卫（Kaplan＆Pigliucci 2001）。

经典分子基因概念与遗传信息和遗传密码的概念密切相关（参见§1.3并进入生物信息）。 虽然一些哲学家已经将这些术语描述为潜在的误导隐喻（Sarkar 1996），但许多人认为这些概念只要在文字意义上使用，因此证明（Godfrey-Smith 2000），或作为隐喻但生产性的（征收2011）。 足够的解释细节很多辩论（例如，Stegmann 2005），但在分子表型（主要是蛋白质）的水平上，信息概念被视为相对令人不安的。 更讨论的是问题，如果信息，或意味着的因果特异性的概念是DNA的独特性，或者它也适用于其他细胞和幼儿组件（Baxter 2019; Bourrat 2020; Griffiths＆Stotz 2013：CH。4-6;格里菲斯等人。2015; Waters 2007; Weber 2017; Woodward 2010）。 在整个生物体表型的水平上，遗传信息已经在借鉴了思想哲学并强调基因所选择的功能的动漫理论方面进行了阐释（Maynard Smith 2000; Sterelny等，1996）。 在这个水平上提出了奇异论文，说明非遗传因素可以在同一意义上携带信息（Griffiths 2001）。 其他哲学家讨论了所选功能是否在发展机构的水平上作为信息的接收者（Jablonka 2002）或者在代际信息生产商中的传输方面重新重新重新重新重新重新重新重新重新重新重新制定遗传表现的函数，或者在代际信息生产者中的传输方面的概念上更好的问题消费系统（2013年SHEA;kõiv2020;刨床2016）。

从更广泛的角度来看，有人认为遗传学中的信息谈判导致遗传确定主义的持续存在（Oyama [1985] 2000）。 后一篇概念表达了如果它携带某些等位基因，那么有机体将表现出特质，其中环境的作用减少到允许这种可能展开的可能性（有关遗传性的条目以及先天和获得的特征之间的区别）。 问题是，如果基因和环境的影响可以分离，特别是在考虑基因型环境相互作用的往往非添加性特征时（Gray 1992; Griffiths 2006; Kitcher 2001）。 这些问题是最有争议的，并且已经有关于人类行为或认知能力可以被描述为遗传确定的问题（Esposito 2017; Keller 2013; Longino 2013; Schaffner 2016; Tabery 2014; Turkheimer 2019）。 有趣的是，分子表观遗传学的新科学通常以确定性语言框架（参见§1.5;梅隆2016;理查森2017;瓦尔达尔和uller 2015）。